L’open science sulla piattaforma CREA di bioinformatica sviluppata su cloud Azure
Condividere i metodi utilizzati per l’analisi dei dati è il presupposto per ottenere la riproducibilità degli esperimenti.
Il successo della ricerca è legato alla collaborazione ed alla condivisione dei dati e dei metodi tra ricercatori di tutto il mondo, un concetto definito come OPEN SCIENCE, ovvero la scienza aperta e trasparente. Condividere i metodi utilizzati per l’analisi dei dati è il presupposto per ottenere la riproducibilità degli esperimenti.
La riproducibilità computazionale rappresenta una grande sfida quando in gioco ci sono big data, dati di grandissime dimensioni (dell’ordine dei tera o addirittura dei petabyte) quali quelli ottenuti dalle tecnologie di sequenziamento di nuova generazione. Per queste ragioni CREA attraverso il suo Centro di Genomica e Bioinformatica sta lavorando, in collaborazione con Microsoft e con il supporto di Seqera ad una piattaforma di bioinformatica avanzata in cui l’analisi dati viene gestita in cloud Azure mediante sistemi di workflow management basati sull’applicativo open source Nextflow che funziona da orchestratore per la gestione delle procedure analitiche. In questo modo viene assicurata a tutti i ricercatori dell’Ente la possibilità di utilizzare sistemi di calcolo altamente performanti (HPC) in un ambiente computazionale condiviso e riproducibile.
Per maggiori informazioni: The Italian Council for Agricultural Research and Economics (CREA) | Seqera