Il Centro di ricerca Ingegneria e Trasformazioni agroalimentari è stato istituito a Maggio 2017 nell'ambito della riorganizzazione del CREA, attraverso all'aggregazione di 6 strutture territoriali: Monterotondo (RM), Treviglio (BG), Roma (Inviolatella), Milano, Torino e Pescara.

Le sedi di Monterotondo e Treviglio, già Unità di ricerca per l'ingegneria agraria, ex Istituto Sperimentale per la Meccanizzazione Agricola dal 1967, si occupano principalmente di ingegneria agraria.
La sede di Roma-Inviolatella, con competenze sugli aspetti agronomici, fitopatologici, qualitativi, igienico-sanitari e, in particolare, sulle trasformazioni dei cereali, deriva dall'Istituto Sperimentale per la Cerealicoltura (ISC – 1967), prima ancora Istituto Nazionale di Genetica per la Cerealicoltura fondato nel 1919 da Nazareno Strampelli.
La struttura di Milano, con principali competenze nella trasformazione e conservazione dei prodotti ortofrutticoli, origina dall'unità di ricerca per i processi dell'industria agroalimentare derivante dall'Istituto Sperimentale per la Valorizzazione Tecnologica dei Prodotti Agricoli originato nel 1967, ex Stazione Sperimentale del Freddo fondata nel 1919.

Dal Centro di ricerca per l’olivicoltura e l’industria olearia, già Istituto Sperimentale per la Elaiotecnica dal 1968 e Regia Stazione Sperimentale di Olivicoltura e di Oleificio dal 1931, ha origine la sede di Pescara che si occupa di valutazione dell’olio e delle olive da mensa. La sede di Torino nasce come gruppo periferico di ricerca nel 2004 del Centro di Ricerca per lo Studio delle Relazioni tra Pianta e Suolo dalla precedente organizzazione.