Laboratorio di Genomica Applicata
Il laboratorio di Genomica Applicata è un laboratorio di alta competenza ed in rete del Centro Cerealicoltura e Colture Industriali, dislocato su diverse sedi, e possiede la strumentazione e l'expertise necessari per lo studio della biodiversità dei genomi vegetali, per studi di genetica ed epigenetica di base ed applicati al miglioramento genetico moderno, fino al trasferimento tecnologico al miglioramento genetico (selezione assistita da marcatori e selezione genomica) di specie cerealicole ed industriali.
Nella Sede di Foggia il laboratorio è dotato di attrezzature per lo studio delle basi genetiche di caratteri di importanza agronomica, per lo studio dell’espressione genica ed il supporto al miglioramento genetico. Sono presenti: due stazioni robotiche automatizzate per estrazioni di DNA e allestimento reazioni; un analizzatore di frammenti a 16 capillar; Real-Time PCR per analisi genetiche quantitative; un sequenziatore NGS (Next Generation Sequencing) ILLUMINA Miseq, per le analisi genomiche. E’ disponibile anche un laboratorio di colture in vitro e trasformazione genetica mediante metodo biolistico.
Nella Sede di Bologna il laboratorio è specializzato nella genetica e genomica di specie industriali; dotato della strumentazione necessaria per l’estrazione e amplificazione del DNA e RNA da campioni vegetali, per la separazione dei frammenti amplificati, per l'analisi e l'elaborazione dei tracciati elettroforetici. Effettua analisi di espressione genica differenziale mediante real-time PCR amplificazione mediante PCR end point, elettroforesi orizzontale e verticale di acidi nuclei e proteine, clonaggi di geni. E’ disponibile anche un laboratorio di colture in vitro per il mantenimento delle collezioni di biodiversità di patata a Bologna e di canapa presso l’azienda di Rovigo.
Nella Sede di Bergamo è specializzato in studi di epigenetica e biologia molecolare, ed è attrezzato per effettuare analisi ufficiali della presenza di OGM nelle sementi di mais e soia. La verifica della presenza di DNA eterologo nonché la quantificazione del materiale OGM avviene mediante l’analisi PCR “Real Time” secondo la procedura riportata in allegato al D.M. 27 novembre 2003. In particolare, l’amplificazione contemporanea di un frammento di DNA eterologo (transgenico) e di un frammento omologo permette, calcolando il rapporto tra eterologo e omologo, di determinare il grado di contaminazione del campione sotto esame. La dotazione per la biologia molecolare comprende la strumentazione necessaria per effettuare vari esperimenti di biologia molecolare (estrazione e analisi di acidi nucleici e proteine, amplificazione e clonaggio DNA, preparazione libraries per NGS, ecc.). Sono presenti 4 macchine PCR, 2 PCR real-time, centrifughe, cappa chimica e microbiologica, apparecchi per elettroforesi orizzontale e verticale, camera oscura con transilluminatore, spettrofotometro e vari PC per analisi dati.
Nella Sede di Vercelli comprende l’intera pipeline di estrazione, visualizzazione ed analisi degli acidi nucleici per la selezione assistita da marcatori molecolari. In particolare, dispone di un sistema automatizzato per l’estrazione (Tissue Lyser® e Qiacube®), la quantificazione (spettrofotometri e Qubit®), amplificazione (End-Point e Real-Time PCR), e visualizzazione (celle per elettroforesi orizzontale, Gel Doc®). Il laboratorio comprende anche celle climatiche, serre e strumentazione per le colture in vitro finalizzati alla coltivazione controllata e alla conservazione delle risorse genetiche.
Per maggiori informazioni contattare:
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Daniela Marone daniela.marone@crea.gov.it - Sede di Foggia
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Roberta Paris roberta.paris@crea.gov.it - Sede di Bologna
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Vincenzo Rossi vincenzo.rossi@crea.gov.it - Sede di Bergamo
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Patrizia Vaccino patrizia.vaccino@crea.gov.it - Sede di Vercelli